税務調査の流れ。
事前通知から終了後の手続まで

「調査」と「行政指導」は別。連絡の時点でどちらかを示す

税務署からの連絡には、税務調査の場合と、申告書の誤りを自分で見直してもらうための行政指導の場合があります。国税庁は、調査か行政指導かを、具体的な手続に入る前に納税者に明示するとしています。

行政指導に基づいて納税者が自主的に修正申告書を提出した場合は、延滞税は納付する場合がありますが、過少申告加算税は賦課されないと、同じFAQ問2にあります。当初の申告が期限後申告だった場合は、無申告加算税が原則5％賦課されます。事務運営指針も、対面・電話・書面のどの形であっても、調査と行政指導のどちらとして行うかを明示するとしています。

実地の調査は原則として事前通知がある。伝えられる事項

実地の調査では、原則として、調査開始前に相当の時間的余裕を置いて、電話等で、調査を行う旨、開始する日時・場所、対象の税目・課税期間、調査の目的などが通知されます。国税通則法は、この事前通知を、調査の対象となる納税義務者と、税務代理人がいる場合はその税務代理人に対して行うと定めています。

事前通知の方法は法令に定めがなく、原則として電話による口頭です。希望しても、通知の内容を書いた書面が交付されることはないとされています。通知の時期は一律には示せないものの、納税者が調査を受ける準備ができるよう、調査までに相当の時間的余裕を置いて行うとされています。

通知されない事項もあります。実地の調査が必要な理由は、法令上の通知事項ではなく、説明されません。調査に要する時間や日数も、調査を始めてからの状況で変わるため、通知の時点では示せないとされています。

日時の変更は相談できる。税理士がいるときの通知先

事前通知の前に、担当者は納税者や税務代理人の都合を聞くことになっています。通知のあとでも、一時的な入院、親族の葬儀、業務上やむを得ない事情などがあれば、申し出ると変更を協議します。国税庁は、例に挙げた場合以外でも、理由が合理的と考えられれば協議するとしています。

事前通知に先立つ都合の聞き取りのときには、調査通知という通知も併せて行われます。国税庁のFAQは、法定申告期限が平成29年1月1日以後に到来する国税について、この調査通知のあとで、調査があることにより更正や決定があると予知する前にした修正申告や期限後申告には、新たに過少申告加算税等が課されることになったと説明しています。調査の連絡を受けたあとに修正申告を出す場合は、加算税の扱いが変わることがある、という点は押さえておきます。

事前通知をしない場合もある

実地の調査でも、事前通知をしないことがあります。申告内容、過去の調査結果、事業内容などから、事前通知をすると違法または不当な行為を容易にし、正確な課税標準等または税額等の把握を困難にするおそれ、その他調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると判断した場合です。

事務運営指針は、事前通知がなくても、臨場後速やかに通知する事項を挙げています。調査を行う旨、調査の目的、対象の税目、対象の期間、対象の帳簿書類その他の物件、調査対象者の氏名または名称と住所または居所、調査担当者の氏名と所属官署です。税務代理人がいる場合は、その税務代理人にも通知します。

事前通知をしないこと自体は、不服申立てができる処分にはあたりません。FAQ問21は、事前通知が行われなかったことに納得できなくても不服申立てはできない、としています。なお、FAQにも事務運営指針にも、どの納税者を調査の対象に選ぶかの基準は書かれていません。書かれているのは、事前通知を省くかどうかの判断材料としての「申告内容、過去の調査結果、事業内容」です。

当日の進み方。身分証明書の提示と、帳簿書類の提示・提出

実地の調査では、担当者は身分証明書（国税職務証票の交付を受けている場合は国税職務証票）と質問検査章を携帯し、相手方に提示して、調査のために往訪した旨を明らかにします。帳簿書類その他の物件の提示・提出を求めるときは、相手方の理解と協力の下、その承諾を得て行うと事務運営指針にあります。

罰則の対象は、「正当な理由がないのに」拒んだ場合や、虚偽の記載をした帳簿書類等を提示・提出した場合です。国税庁は、何が正当な理由にあたるかは個々の事案で判断され、最終的には裁判所が判断するとしたうえで、災害等で帳簿書類が滅失・毀損し、直ちに提示・提出することが物理的に困難な場合を例に挙げています。

帳簿書類の預かり（留置き）は承諾が前提。預り証と返還

調査では、帳簿書類を担当者が預かって税務署で調査を続けることがあります。国税庁は、預かりは必要性を説明し、承諾を得て行うもので、承諾なく強制的に留め置くことはないとしています。

預かりをお願いする場合として、事務運営指針は、相手方の事務所に調査を行うスペースがない場合、写しの作成が必要なのに調査先にコピー機がない場合、相当の分量の帳簿書類を税務署内で検査するほうが合理的な場合を挙げています。預かるときは、帳簿書類の名称などを書いた預り証を交付し、預かる必要がなくなったときは遅滞なく、預り証と引換えに返還します。

終わるとき。是認の通知・結果の説明・修正申告の勧奨

実地の調査の結果、更正や決定をすべきと認められない場合は、その旨が書面で通知されます。誤り（非違）があるときは、税目、課税期間、更正決定等をすべきと認める金額と理由が、原則として口頭で説明されます。

説明の方法は法令に明示されておらず、結果を書いた書面を、要望に応じて交付することはないとされています。電話や書面による調査で、誤りの内容が書面でも十分に理解できる簡易なものの場合は、書面を送付して説明することがあります。事務運営指針は、調査結果の内容の説明等をもって、原則として一連の調査手続が終了する旨を、納税者に説明するとしています。

更正等の処分を行う場合は、処分の理由が附記されます。白色申告者への増額更正や加算税の賦課決定処分も対象です（問30）。

修正申告をすると不服申立てはできない。更正の請求はできる

調査の結果について修正申告書を提出すると、不服申立てはできません。ただし、更正の請求はできます。勧奨のとき、この法的効果を説明して書面を交付することが、国税通則法に定められています。

国税庁は、この違いを次のように説明しています。不服申立ては、税務当局が行った更正等の処分の税額が過大だと考えるときに、処分の取消しなどを求める手段です。修正申告は納税者が行った申告であり、税務当局の処分ではありません。そのため、あとで修正申告に誤りがあると考えても不服申立てという手段はとれず、一定期間内であれば更正の請求という手段をとることになります。

更正の請求の期間は、平成23年12月の改正で、改正前の原則1年から5年に延長されたと、FAQの総論にあります。修正申告と更正の請求の使い分けは確定申告を間違えたときの記事に書きました。

一度調査した税目・期間も、新たな情報があれば再び調査される

ある税目・課税期間について実地の調査を行った場合は、更正決定等をすべきと認められなかったかどうかにかかわらず、原則として、その税目・課税期間の再調査は行われません。ただし、新たに得られた情報に照らして誤りがあると認めるときは、再び調査をすることがあります。

国税庁が挙げる例は、実地の調査が終わったあとに行われた取引先の調査で、最初の調査では把握されていなかった誤りが明らかになった場合です。再調査についても、原則として事前通知は行われますが、再調査を行う理由の説明はされません（問29）。ここでいう再調査は、処分の見直しを求める「再調査の請求」とは別のものです。

連絡を受けたら、まず確かめておくこと

連絡を受けたときは、調査なのか行政指導なのか、対象の税目と課税期間、調査の目的、開始の日時と場所を、その場で確かめます。都合の悪い日時が分かっていれば、事前通知のこの時点で申し出られます。

調査の結果、納める税額が生じるときの加算税は無申告のペナルティの記事に、期限までに納められないときの延滞税と猶予は税金を納期限に払えないときの記事にまとめました。

よくある質問

税務調査は、事前に連絡がありますか

実地の調査では、原則として、調査開始前に相当の時間的余裕を置いて、電話等で、調査を行う旨、開始する日時・場所、対象の税目・課税期間、調査の目的などが通知されます。国税通則法は、この事前通知を、調査の対象となる納税義務者と、税務代理人がいる場合はその税務代理人に対して行うと定めています。→ 本文で読む

事前通知なしで調査に来ることはありますか

実地の調査でも、事前通知をしないことがあります。申告内容、過去の調査結果、事業内容などから、事前通知をすると違法または不当な行為を容易にし、正確な課税標準等または税額等の把握を困難にするおそれ、その他調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると判断した場合です。→ 本文で読む

調査の日時は変更できますか

事前通知の前に、担当者は納税者や税務代理人の都合を聞くことになっています。通知のあとでも、一時的な入院、親族の葬儀、業務上やむを得ない事情などがあれば、申し出ると変更を協議します。国税庁は、例に挙げた場合以外でも、理由が合理的と考えられれば協議するとしています。→ 本文で読む

帳簿書類を預かりたいと言われたら、応じなければいけませんか

調査では、帳簿書類を担当者が預かって税務署で調査を続けることがあります。国税庁は、預かりは必要性を説明し、承諾を得て行うもので、承諾なく強制的に留め置くことはないとしています。 預かりをお願いする場合として、事務運営指針は、相手方の事務所に調査を行うスペースがない場合、写しの作成が必要なのに調査先にコピー機がない場合、相当の分量の帳簿書類を税務署内で検査するほうが合理的な場合を挙げています。預かるときは、帳簿書類の名称などを書いた預り証を交付し、預かる必要がなくなったときは遅滞なく、預り証と引換えに返還します。→ 本文で読む

調査が終わるとき、どんな連絡がありますか

実地の調査の結果、更正や決定をすべきと認められない場合は、その旨が書面で通知されます。誤り（非違）があるときは、税目、課税期間、更正決定等をすべきと認める金額と理由が、原則として口頭で説明されます。→ 本文で読む

修正申告をしたあとで、不服を申し立てられますか

調査の結果について修正申告書を提出すると、不服申立てはできません。ただし、更正の請求はできます。勧奨のとき、この法的効果を説明して書面を交付することが、国税通則法に定められています。→ 本文で読む

この記事は、記載時点で公表されている法令・通達・国税庁の資料にもとづいて書いています。制度は改正されることがあり、また個別の事情によって取扱いは変わります。実際のご判断にあたっては、税理士にご相談いただくか、所轄の税務署にお確かめください。当事務所は本記事の情報を用いて行われた判断について責任を負いかねます。